為推廣博物館社會教育功能及成為校外教育終身學習之場域，並鼓勵在校教師及學生入館參觀，該館提供「週三我的教室在博物館」方案；開放每週三學校教師憑教師證及學生憑學生證，免費參觀南科考古館，實施期間為109年7月1日至110年6月30日止。

另該館提供「學校來文申請門票優惠處理方案」，針對學
校函請門票優惠給予相應之方案，內容如下：門票優惠給
予相應之方案，內容如下：
(一)於109年10月31日前至南科考古館參觀者：臺南市學校、有特殊情形（如有專案合作等）之學校及偏遠學校給予入館門票免費優惠，其他學校以每人新臺幣40元門票優惠方式辦理。
(二)於109年11月1日至110年10月31日間至南科考古館參觀者：針對特殊情形（如有專案合作等）之學校及偏遠學校給予入館門票免費優惠，其他學校以每人新臺幣40元門票優惠方式辦理。